自然选育：利用菌种的自然突变筛选出理想菌种称为自然选育，自然突变又分为正突变和负突变。
诱变育种：利用物理诱变剂、化学诱变剂处理微生物细胞群，再挑选出突变株称为诱变育种。
杂交育种：品种之间杂交，创造出异变，培育出的品种就是杂交育种。
一、菌种选育方法
1、自然选育
（1）没有经过人工处理，利用菌种的自然突变并筛选出理想菌种的过程便是自然选育。
（2）在没有人工干预下的情况下，部分微生物所发生的突变便是自然突变，一般将自然突变分为正突变和负突变，其中对于生产有益的突变便是正突变，比如菌株生产性能提升了，而不希望在生产上发生的突变便是负突变，比如菌株衰退、生产质量下降。
2、诱变育种
（1）诱变育种的含义是用物理诱变剂、化学诱变剂来处理分散均匀的微生物细胞群，使突变率可以提高，随后再采取方便、快速高效率的筛选方式，挑选出部分符合目的的突变株，从而可供研究。
（2）常用的物理诱变剂主要有紫外线、快中子等种类，而常用的化学诱变剂主要有噬菌体。
3、杂交育种
（1）通过品种之间的杂交，随后创造出异变，然后选育出新品种的方法便是杂交育种。
（2）杂交育种这个方式，也是目前国内外运用的最有效、最为普遍的一种育种方法。
二、菌种保存方法
1、以冷冻干燥法为例，可将孢子悬浮液与保护剂（通常用脱脂牛奶或血清）进行混合，然后将其放入安瓿管内，并且将安瓿管放在零下20°C至零下30℃的乙醇液中速冻。
2、速冻后在低温的情况下用真空泵将乙醇液抽干，并用五氧化二磷或干冰将水汽结冻，最后熔封安瓿管并且将它放置于低温下保存即可。
