施未腐熟的有机肥，容易出现烧根烧苗、病虫害的威胁、产生毒气、导致土壤缺氧、养分大量的流失等危害。
未腐熟的有机肥，在条件合适的情况下，会再次发酵，引起烧根烧苗，甚至导致植株死亡。而在粪便中含有大肠菌、线虫等病菌和害虫，直接使用，会使得病虫害传播至植株里。
未腐熟的粪便，在分解的过程中。会产生甲烷、氨等有害气体，还会消耗土壤里的氧气，使得土壤暂时性缺氧。
一、未腐熟的有机肥对农作物的危害
1、引起烧根烧苗
不发酵的畜禽粪便施到农田，由于发酵不彻底，会发生“二次发酵”的现象，当发酵条件具备时，在微生物的活动下，生粪发酵；当发酵部位距根较近或作物植株较小时，发酵产生的热量会影响作物生长，引起“烧根、烧苗”,严重时会导致植株死亡。
2、病虫害的威胁
粪便中含有大肠菌、线虫等病菌和害虫，直接使用会导致病虫害的传播、作物发病，对食用农产品的人的身体健康也会产生影响；未腐熟有机物质在土壤中发酵时，容易滋生病菌与虫害，导致植物病虫害的发生。
3、产生毒气危害
未腐熟的粪便在分解的过程中产生甲烷、氨等有害气体，使土壤和作物产生酸害和根系损伤。
4、导致土壤缺氧
未腐熟的粪便在分解的过程中会消耗土壤中的氧气，使土壤暂时性地处于缺氧状态，在这种缺氧状态下，会使作物生长受抑制。
5、大量养分流失
在传统堆沤粪便的过程中，因为自然分解、风吹雨淋等原因，氮磷钾等养分浪费流失十分严重，通常利用率只有50%。
6、肥效明显缓慢
未发酵腐熟的有机肥料中养分多为有机态或缓效态，不可被作物直接吸收利用，只有分解转化成态才可以被作物吸收利用。所以，未发酵直接施用会使肥效减慢。
二、有机肥改良土壤的原理
1、有机肥在土壤中经过微生物的作用会转变成为腐殖质，能促进团粒结构变化，调节水气比例。
2、且腐殖质在土壤中呈有机胶体状，能吸附大量的阳离子，所以有机肥可以改良土壤的透气性，提高土壤的保水、保肥能力。
