1、枯萎病、茎基腐病为真菌性病害，而青枯病为细菌性病害。
2、茎基腐病多发生于初花前，而枯萎病、青枯病多发生于中后期。
3、感染枯萎病、青枯病后，剖开茎部可观察到维管束变褐色，但基部不腐烂，而感染茎基腐病后，维管束变褐且基部腐烂。
4、青枯病发病时，顶部叶片及中下部叶片先后萎蔫，但仍保持绿色，而茎基腐病全株枝叶枯萎发黄，枯萎病则是半个叶序或半边叶变黄。
一、番茄青枯病、枯萎病、茎基腐病的区别
1、枯萎病、茎基腐病属真菌病害；而青枯病属细菌性病害。
2、茎基腐病通常在初花前发病，而枯萎病、青枯病在中后期发病。
3、枯萎、青枯病茎剖开，维管束变褐色，但基部不腐烂，横切病茎，用手挤压或保湿，维管束会溢出白色菌液的是青枯病；茎基腐的维管束变褐且基部腐烂。
4、枯萎病茎部自下而上缢缩凹陷变褐但不腐烂；茎基腐基部变褐且腐烂；青枯病则表皮粗糙且增生不定根或不定芽。
5、茎基腐病全株枝叶枯萎发黄；枯萎病是半个叶序或半边叶变黄，有可能从近地面叶序向上蔓延，除叶片完好外，其余均枯死；青枯病先是顶部叶片萎蔫下垂，然后下部，中部叶片逐渐萎蔫下垂，死时植株仍保持绿色。
二、番茄土传病害防治方式
1、加强苗期管理，减少幼苗带菌；实行轮作，施用腐熟有机肥，增施钾肥，提高抗病能力。
2、发现染病番茄植株，彻底铲除，拿到棚外销毁处理，同时对土壤进行。青枯病、枯萎病可以通过流水传播，大水漫灌可使病原菌迅速传播，因此有死棵的番茄大棚禁止大水漫灌。
3、化学制剂防治：
这三种病害预防制剂可选内吸性强的药剂，如氯溴异氰尿酸、松脂酸铜等。
（1）青枯病：没发病可用中生菌素、可杀得等药剂进行保护性喷雾预防。发病后拔除病株用甲霜灵噁霉灵灌根，也可用春雷霉素、络氨铜等等。
（2）枯萎病：发病后立刻拔除，用甲霜灵噁霉灵水剂稀释600-800倍液全棚灌根，对拔除病株的地方更应加大灌药量。另外也可选用多菌灵加福美双加恶霉灵灌根。
（4）茎基腐病：初见病株即用甲霜灵噁霉灵水剂稀释600-800倍液淋根，连续2-3次，间隔5-7天。
