菌种是指发酵过程中，可作为活细胞催化剂的微生物，主要包含细菌、放线菌、酵母菌以及霉菌四种。
菌种来源于自然界的微生物，经人工处理后，从微生物中筛选分离选出有用菌种并进行改良，最后应用于生产中。筛选步骤主要包括菌种分离、初筛和复筛。
一、菌种的含义
1、菌种是指在发酵过程中，能作为活细胞催化剂的微生物，主要包含了细菌、放线菌、酵母菌以及霉菌四个种类，菌种主要来源于自然界的微生物，然后通过人工处理的方式，从这些微生物中筛选分离后选出有用菌种，加以改良，便可以将这些菌种用于生产中。
2、筛选主要是为了选出对工业发酵有用的菌种，其步骤主要包含了菌种分离、初筛和复筛，从中选出具有某种能力的有用菌种。
3、分离首先需要从土壤或者腐生植物中收集含菌样品，接着将样品用无菌水稀释后，再将其涂在适宜细菌、放线菌或者霉菌生长的琼脂培养基平皿上，然后再将它倒置于恒温箱中。
4、经过一段时间的培养后，平皿上会长出的许多单个菌落，菌落经过分离后就可变成各种纯种菌株。不使用时可将它移种至试管斜面培养基上，放在温度为4℃的冰箱中备用。
二、菌种选育方法
1、自然选育
（1）没有经过人工处理，利用菌种的自然突变并筛选出理想菌种的过程便是自然选育。
（2）在没有人工干预下的情况下，部分微生物所发生的突变便是自然突变，一般将自然突变分为正突变和负突变，其中对于生产有益的突变便是正突变，比如菌株生产性能提升了，而不希望在生产上发生的突变便是负突变，比如菌株衰退、生产质量下降。
2、诱变育种
（1）诱变育种的含义是用物理诱变剂、化学诱变剂来处理分散均匀的微生物细胞群，使突变率可以提高，随后再采取方便、快速高效率的筛选方式，挑选出部分符合目的的突变株，从而可供研究。
（2）常用的物理诱变剂主要有紫外线、快中子等种类，而常用的化学诱变剂主要有噬菌体。
3、杂交育种
（1）通过品种之间的杂交，随后创造出异变，然后选育出新品种的方法便是杂交育种。
（2）杂交育种这个方式，也是目前国内外运用的最有效、最为普遍的一种育种方法。
