使用微生物肥时，先检查菌数是否达到了要求，国家规定微生物菌剂有效活菌数≥2亿/g（颗粒1亿/g），复合微生物肥料和生物有机肥有效活菌数≥2000万/g，其次为是否在保质期内。
施用菌肥的温度为25-37℃，若高于45℃，低于5℃会导致效果下降，不能用在高温、低温、干旱的农作物田块中。
用量不宜过大，可循序渐进的施用。不能与杀虫剂、除草剂、含硫的化肥等物混用。
一、微生物肥如何使用
1、对于微生物肥料自己来说，菌数是衡量一种菌肥是否达标的重要依据，国家规定微生物菌剂有效活菌数≥2亿/克（颗粒1亿/克），复合微生物肥料和生物有机肥有效活菌数≥2000万/克。如果达不到这一标准，说明产品质量达不到要求。
2、微生物肥是产品本身的有效性，施用菌肥的时候，一定要检查是否过了保质期，目前我国菌肥保质期超过1年的不多，购买后要尽早施用，当然也有一些菌肥产品存放时间比较久，比如多孢菌常规保存35个月正常复活，比常规菌肥提高了23个月保存期。
3、除了微生物肥自身的条件外就是外界因素了。点是温度，施用菌肥的温度是25-37℃，低于5摄氏度或是高于45摄氏度，菌肥的施用效果都会比较差，对高温、低温、干旱条件下的农作物田块不宜施用。
4、但是多孢菌的耐受温度达140度，在一定程度上拓宽了菌肥在温度上的局限性。第二点时期，菌肥的效果时期是作物的营养临界期和营养大量吸收期前7-10天左右，在此期间施菌肥效果。
5、微生物肥用量，一块儿过度施用化肥的土地对化肥是有依赖性的，不要一下子用菌肥完全代替了化肥，要循序渐进。第四点混合，像剂、杀虫剂、除草剂和含硫的化肥（如硫酸钾等）以及稻草灰等是不可与菌肥混合施用的，它们会杀死生物菌，破坏肥效。
二、微生物肥的特点
1、微生物肥是指一类富含活性微生物的特定制品。这类肥料的施用可以补充、促进有益微生物群体的繁殖，改善土壤微生态环境，抑制或控制土传病虫害的发生。
2、微生物肥料种类较多，按肥料中微生物的种类可分为：肥、放线菌肥、类肥、复合菌剂肥等。微生物肥料种类不同，其功效也各不相同。
