微生物肥料能有效修复各类污染土壤，包括金属、有机、盐碱等，具有良好的修复效果。
微生物肥料可以降低化肥和农药使用，促进土壤生态平衡，有效解决土壤问题。
使用微生物肥料要防止开袋后长期不用、避免高温干旱条件下施用、不与未腐熟的有机肥混用、避免与农药同时施用、选择合适的时间施用，也不宜叶面喷施。
一、微生物肥料长期使用的作用
1、微生物肥料长期使用可以修复被污染的土壤，这个说法是完全正确的。微生物对修复金属污染、有机污染、盐碱化、荒漠化等土地等都有一定的功效。
2、微生物肥料对解决土壤问题有一定的好处，使用微生物肥料后，不仅能大量减少化肥的使用量，还可以降低农药使用量，减少农药在作物里面的残留量。同时微生物肥料中的微生物菌群可以促进土壤生态系统中碳、氮、氧等元素进行良性循环，从而修复并使土壤生态系统达到新的平衡。
二、施用微生物肥料注意事项
1、一是防止开袋后长期不用，如果开袋后长期不用，其他菌就可能侵入袋内，使微生物菌群发生改变，影响其效果。
2、二是避免在高温干旱条件下施用。在高温干旱条件下，微生物生存和繁殖就会受到影响，不可发挥应用的作用。应选择阴天或晴天的早晨、傍晚施用这类肥料，并结合盖土、盖粪、浇水等措施，防止微生物肥料受阳光直射或因水分不足而难以发挥作用。
3、三是避免与未腐熟的农家肥混用。微生物与未腐熟的有机肥堆沤或混用，会因高温杀死微生物，影响其肥效。同时也要注意防止与过酸过碱的肥料混合施用。
4、四是避免和农药同时施用。化学农药都会不同程度地抑制微生物的生长和繁殖，甚至杀死微生物。若要施用农药，也应将施用时间错开。不可用过拌过杀虫剂、剂的种子拌微生物肥料。
5、五是微生物肥料主要基肥或种肥施用，不宜叶面喷施。施用微生物肥料，不能代替施用化肥。
