生物种类不同：绿藻，是真核生物。蓝藻，属于原核生物。
繁殖方式不同：绿藻，分为无性生殖、有性生殖。蓝藻，进行营养繁殖，或通过孢子繁殖。
细胞核不同：绿藻，体内存在成型的细胞核。蓝藻，没有成型的细胞核。
所含成分不同：绿藻，具备细胞核、叶绿体、细胞壁等结构。蓝藻，只有核糖体这一种细胞器。
一、绿藻与蓝藻的区别
1、生物种类不同
绿藻属于真核生物，蓝藻是原核生物。
2、繁殖方式不同
绿藻通常是无性生殖和有性生殖,，蓝藻是营养繁殖或产生孢子以无性繁殖。
3、细胞核不同
绿藻具有成型的细胞核，而蓝藻不具有成型的细胞核。
4、所含成分不同
（1）绿藻有细胞核和叶绿体，而且还有色素、贮藏养分及细胞壁的成分。
（2）蓝藻不具有叶绿体、线粒体、尔基体、中心体、内质网和水面液泡等细度胞器，唯一的细胞器是核糖体。
二、绿藻的品种
1、衣藻
衣藻通常生长于含有机质的淡水沟和池塘中，常以大片群落的方法繁殖，使水体呈现出绿色，当衣藻生殖时，藻体常静止，鞭毛收缩或脱落，囊破裂后，游动孢子发育成新个体。
2、团藻
团藻常在春夏两季生于淤泥多的浅水池中，它在进行无性生殖时，生殖细胞经多次分裂形成皿状体，再经过翻转作用发育成子群体，然后落入母群体腔内，当母群体破裂时将其释放出来。
3、小球藻
小球藻为色球藻目中的常见植物，外观呈圆形或椭圆形，体内含有片状和杯状叶绿体，而且蛋白质丰富，它们生殖时会生产不可游动的似亲孢子，一般生活于富含有机质的池塘及沟渠中。
4、栅藻
栅藻通常是由4个细胞形成的定形群体，有时为8个或16个，其细胞形状多为椭圆形或纺锤形，细胞壁光滑或有各种突起，这类绿藻属于淡水藻，在各种淡水水域中均能生活，分布广泛。
5、丝藻
丝藻的藻体为单条丝状体，一般生长在岩石或木头上，细胞中央有一个细胞核，叶绿体位于侧缘，它们在生殖过程中，配子在水中游动，然后成对结合，从而完成有性繁殖。
