1、灌溉施肥设备的一次性投资比较大。
2、灌溉施肥对管理有要求，若管理不善，会导致滴头堵塞。
3、用于灌溉施肥的肥料要求溶解性较好，否则会堵塞滴头。
4、干旱、半干旱地区灌溉施肥一般只能湿润部分土壤，因此作物根系集中分布于灌水器湿润区附近。
5、长期采取微灌施肥，会导致湿润区边缘累积大量盐分。
一、灌溉施肥存在哪些局限性
1、一次性投资较大。根据近几年的灌溉设备和施肥设备市场价格估计，大田采用灌溉施肥通常每亩设备投资300-1000元之间，而温室灌溉施肥的投资比大田高。
2、灌溉施肥对管理有一定要求，管理不善，容易导致滴头堵塞。
3、用于灌溉的肥料对溶解度有较高要求。
4、在干旱、半干旱地区，因为灌溉施肥一般只湿润部分土壤，根系的生长可能只局限在灌水器的湿润区，有可能限制根系生长，使植株矮小。
5、长期应用微灌施肥，特别是滴灌施肥，容易造成湿润区边缘的盐分累积。我国南方地区不存在这个问题。
二、微灌施肥要注意什么
1、肥料应选择滴灌专用肥或速溶性肥料品种。不可完全溶解的肥料，要先将化肥溶解于水，滤除未溶颗粒后再倒入施肥罐。
2、系统正常运行（10-20分钟）后，开始向施肥罐内注肥。肥料注入量视作物需肥量而定，肥料浓度范围以4-200毫克/千克为宜。施肥量过大不仅浪费肥料，而且会引起系统堵塞。施肥后应保持灌溉20-30分钟。
3、系统间隔运行一段时间，就应打开过滤器下部的排污阀放污，施肥罐底部的残渣要经常清理。
4、每次运行，须在施肥完成后再停止灌溉。施肥是否完成，可以通过滴灌专用肥的颜色变化来确定，也可以通过滴头流出水样的电导来确定，当电导恢复灌溉水原值，说明施肥已经完成。
5、灌溉施肥过程中，若发现供水中断，为避免含肥料的溶液倒流，应尽快关闭施肥罐进水管上的阀门。
6、如果水中含钙镁盐溶液浓度过高，为防止长期灌溉生成钙质结核引起堵塞，可用33%的稀盐酸中和堵塞。
