使用em菌，池塘里面会出现有益菌优势种群，此时水产动物的代谢物、食物残渣的分解速度会加快，水中的有毒物质（比如亚硝酸盐、氨氮等）的含量也会降低。
水中的有机物被分解后，浮游植物可从中吸收养分，而浮游植物进行光合作用时又会释放出氧气，提高水中的含氧量。
将em菌掺入饲料中，有利于水产动物肠道内的有益菌的繁殖，提高消化酶的活性，继而增强水产动物的消化能力等。
一、em菌种在水产养殖中的作用
1、使用em菌过后，池塘中形成有益菌优势种群，可以快速分解水产动物的代谢物以及食物残饵，降低水体中的亚硝酸盐和氨氮等有毒物质的含量，并且水体中的有机物在分解过后，可以为浮游植物提供生长所需要的营养，紧接着，浮游植物又进行光合作用，为水产动物提供氧气，形成一个良性循环。
2、在饲料中添加适量的em菌可以促进水产动物肠道内的有益菌生长和繁殖，调节肠道内部的菌群平衡，增强肠道内消化酶的活性，从而增强水产动物的消化能力以及抗病抗应激能力，降低染病率，提高成活率。
3、可以促进水产动物的生长，提高增重率，提前上市时间。据研究表明，使用em菌液后，可以提前10-15天左右上市，并且每亩池塘的产量提高20-35%左右，产卵量提高25%左右。
二、em菌种怎么使用
1、方式一：直接按照一定比例兑水稀释后用来浸种、拌种、叶面喷施等。
2、方法二：和杂草、人畜粪便、切碎的秸秆、锯木屑、谷糠等制作成农家生物有机肥。
3、方式三：和红糖、粪水等发酵粪水后追肥。
